سید حسن خمینی فقدان رهبر شهید را «فاجعه‌ای غیرقابل تصور» توصیف کرد و افزود: ملت ایران بدون اتکا به فرد خاصی، از این حادثه سرافراز بیرون آمد. سه عامل در این مسیر نقش اساسی داشت: ساختار ایدئولوژیک، ساختار تمدنی و ساختار اداری کشور. دولت ۱۲۰ ساله ایران نشان داد از ساختاری قدرتمند برخوردار است و این نظام دیوان‌سالاری، علی‌رغم همه انتقادها، در این بحران سربلند بیرون آمد.
یادگار امام راحل، با تاکید بر اینکه به سادگی از کنار احکام الهی نگذریم و سست نگیریم،گفت: یکی از آسیب های جهان امروز این است که دین را شل می گیریم. این بدان معنا نیست که متعصب باشیم و با کسی پرخاشگری کنیم.
سیدحسن خمینی بار دیگر از روند ردصلاحیت های شورای نگهبان در انتخابات ریاست جمهوری ۱۴۰۰ انتقاد کرد. شما حق رای دارید، من هم حق دارم آن کسی که دلم می خواهد را انتخاب کنم.
سید حسن خمینی با اشاره به ردصلاحیت تعداد زیادی از کاندیداهای انتخابات ۱۴۰۰ هشدار داد: هر روز و امروز هر حرکتی که بخواهد نافی عنصر جمهوری باشد یک حرکت ضدانقلابی است. مگر می شود نظام همان نظام امام باشد و مردم در آن حق نداشته باشند؟! اینکه کسی بگوید اگر مردم در انتخابات شرکت نکنند هم مشروعیت نظام باقی است ناشی از نشناختن روح و ماهیت جمهوری اسلامی است.»
سید حسن خمینی تصمیمی برای کاندیداتوری در انتخابات ریاست جمهوری ۱۴۰۰ ندارد.
